El Programa de Maestría de AIU es un traje educativo hecho a la medida. AIU ha desarrollado un protocolo para cuantificar y calificar los antecedentes profesionales de una persona, así como sus credenciales académicas, y conceder créditos académicos a los estudiantes calificados de acuerdo con su verdadero nivel de conocimientos. Tras la revisión y evaluación iniciales, se define el Estado Académico del Estudiante. Esta definición establece el número aproximado de Horas de Crédito Académico que la Universidad otorgará al Estudiante hacia el Programa de Grado designado del Estudiante.

El desarrollo de cursos y planes de estudio es una actividad de colaboración, entre el Estudiante y el Asesor Académico. El Plan de Estudios de cada Estudiante es único, y se desarrolla como resultado de los esfuerzos mutuos del Estudiante, el Personal Académico y el Asesor Académico. Para cumplir con los requisitos del Programa de Titulación según lo establecido por el Comité Académico, el Estudiante realiza una investigación, (usando Internet u otros Recursos Aprobados), para investigar y seleccionar cursos de por lo menos 2, colegios o universidades Aprobados por AIU, que ofrezcan la misma disciplina a nivel de Maestría, como el Programa de Titulación designado del Estudiante. El Estudiante seleccionará los cursos basándose en la necesidad del Estudiante de adquirir los conocimientos y dominar los objetivos definidos, en las descripciones y objetivos de los cursos, tal y como se detallan en los Catálogos de Cursos de dichas Instituciones Aprobadas. El Estudiante será el árbitro inicial de los cursos seleccionados. La culminación del proceso de selección de cursos es la sesión de clase con el Asesor Académico. Durante esta clase, se establecerán y aprobarán los cursos y planes de estudios del estudiante.

Los programas de máster están disponibles en muchas disciplinas y demuestran la capacidad del estudiante para realizar trabajos avanzados en el campo de estudio seleccionado. La culminación del Programa es la Tesis de Máster, un trabajo original que muestra el dominio del candidato de la disciplina seleccionada, produce ideas y hallazgos significativos basados en el pensamiento y la investigación originales, y contribuye al avance del pensamiento y el conocimiento a escala universal. Los estudios conducentes al título de máster están diseñados para proporcionar al candidato un conocimiento profundo y exhaustivo de su campo profesional, así como formación en métodos de investigación. Los criterios para la concesión del título serán la comprensión de la materia por parte del candidato y la capacidad demostrada para llevar a cabo una investigación independiente. Además, el candidato debe ser capaz de expresar sus ideas con claridad, tanto verbalmente como por escrito.